在東北俄軍的撤軍問題上，雙方爭執的焦點主要就在俄國人誘使盛京將軍曾琪簽署的那份文件上。
俄國人堅持他們同盛京將軍曾琪簽署的那份協議有效，而楊士驤和徐世昌則認為，那是俄國人誘騙曾琪簽署的。
而且，曾琪隻是奉天將軍，是一個地方官員，不是朝廷派出的代表，更沒有朝廷的授權，因此他和俄國人簽署的文件上，沒有任何法律效力，俄國人必須退出東北。
為此，雙方僵持了近半月後，還因為俄國人的原因一度終止了談判，期間，雙方還在山海關出現嚴重交火事件，最終以進攻前所的俄軍兩個師，被前鋒軍以優勢兵力擊潰而告終。
軍事上的失敗，以及英、法、德、美、意、奧、日等國也堅決反對俄國占領東北，給了俄國人以巨大壓力，俄國人最終還是同意有條件撤軍。
為此，同俄國人簽訂了《交收東三省條約》，條約內容如下。
三，俄軍撤退前，清國在東北不另添練兵，隻餘原關外軍隊；
四，撤兵後，駐東北軍隊人數應隨時知照俄國；
六，前鋒軍全部退回直隸，山海關亦交奉天綠營接管。
對於這份協定，滕毓藻原本堅決反對，可不僅榮祿給滕毓藻發來親筆信，勸說滕毓藻接受俄國人有些無賴無理的要求，。
甚至還隱晦表示，太後已經在回京途中，太後急於儘快達成議和談判，要滕毓藻不要再阻攔這個來之不易的協議。
而同樣急於儘早結束這場戰爭的英、德、美三國，也拉上日本和法國，給榮祿簽署了一份保證，他們會監督俄國人撤軍，如果俄國人在撤軍問題上出現反複，他們會以武力乾涉，迫使俄國人全部撤出東北。
雖然滕毓藻很清楚，俄國人一定不會輕易放棄東北，英、德、美、日、法五國的保證也僅僅是紙麵上的東西，最終隻會有同樣企圖染指東三省的日本會同俄國人大打出手，其餘列強隻會給日本人以財政和武器援助，可他也沒有辦法再加阻止。
即便慈禧給了他可以否決合約的權利，他此時也不敢妄用，那樣會讓朝野都會認為他這個前鋒軍總統擁兵自重，不把朝廷放在眼中，這固然會讓前鋒軍中那些激進將領們更加堅定支持他，可也會在一定程度上失去一部分頑冥不化的民眾的心。
滕毓藻始終認為，相對和平一些的過渡，不以武力征服各省那些遺老遺少，才會對這個國家的未來影響最小，而要達到這樣的目的，他還需要一些準備。
而且，現在還有關外的俄國人以及將來的日本人，前鋒軍還要在東北迎接一場大戰，在這個時候，也實在不宜引出變故。
多日權衡利弊之後，最終滕毓藻也隻能無奈接受俄國人的緩兵之計。
撤軍的事談完，其它問題就都迎刃而解了，雖然在釋放俘虜以及賠款問題，又起了爭持，可雙方經過商談，英、法、德、美，甚至四國很快就答應交付一千萬兩銀子給直隸，意、奧兩國各交付一百萬兩銀子。
日本人在經過英、法、美、德的勸說，以及美國人以極低的利率借款給日本人後，窮苦的日本人也咬牙接受。
以此換取滕毓藻不再追究聯軍關於給直隸造成巨大損失的賠償，為了達到目的，英、美、德都付出極大努力。
據說，意大利和奧匈帝國的各一百萬兩銀子，就是英國和德國人給出的。
關於列強和朝廷的賠償問題，榮祿同意列強的要求，由榮祿和列強另議。
雖然滕毓藻清楚，所謂另議，最終吃虧的很可能還是朝廷，可鑒於通州以及京城都不在滕毓藻這個直隸總督的管轄範圍之內，那是歸順天府和朝廷管轄，滕毓藻不好乾預，他也隻能作罷。
而剩下的那些問題就更不是問題，列強在合約中去除了禁售軍火這一條，也同意重新商議航行的相關條約，但這依然需要日後同朝廷再談。
對於北洋的三處海關，列強認為，如果滕毓藻同意他們可以派出人員監督執行這三處海關承擔的以往抵押貸款償還的執行，他們不持反對意見。
這一條，滕毓藻也答應下來。
北洋之外的海關，他的勢力暫時還無法伸展那麼遠，隻要朝廷仍然任用赫德掌管總稅務司，即便簽署收回協議，海關也會依然由列強控製。
在租界問題上，列強也同意滕毓藻的方案，但要求滕毓藻要保證，在租界內維持治安秩序的隻能是警察，這一條滕毓藻沒有疑義。
滕毓藻正想推動直隸甚至國內各省實行警察製度，有了列強這個提議，。
關於列強原本提出的在京城至天津以及大沽口沿線駐軍一事，列強也同意去除，但要榮祿和滕毓藻做出保證，要保證不會再發生會危及境內洋人人身安全的事情。
關於修建教堂，最終列強同意在直隸境內遵從滕毓藻的要求，在境內其它地方，同樣也要單列另談。
這個結果，雖然滕毓藻很不滿意，他也很清楚列強和朝廷另談的用意，可他也沒有辦法。
他現在還隻是直隸總督，朝廷的事情，他實在不便過多乾涉。
由於急於同直隸展開貿易往來，這一次列強的撤軍進行的十分迅速，剛剛到了十月份，列強已經將在直隸的所有駐軍全部撤離。
由於英、法、美、德、意、奧七國應允賠付給直隸的賠款，是要在英、法、美、德、四國購買設備及物資的，這是要在開始采購設備時才會作為購買款項在這幾個列強國內花掉的，所以，這幾國的戰俘，滕毓藻沒有任何刁難就釋放了。
而意澳兩國雖然也要拿出一百萬兩的銀子，可他們的銀子是英、德兩國提供的，這筆錢就要算到這兩國身上，購買物資和設備時，隻需要他們多拿出價值一百萬的設備物資或者武器就可以了。
甚至這些戰俘，也都隨同這些國家的最後一批軍隊撤離回國。
剩下的戰俘，隻有七萬多俄軍和數萬日軍戰俘還沒有釋放。
俄軍戰俘沒有釋放，是因為俄軍堅持不肯拿出賠款，甚至還在撤離時將東局子的設備拆卸一空運走，滕毓藻自然不會再釋放這些人。
而日本人雖然借款同意賠償一千萬兩銀子給滕毓藻，可由於在日本實在沒有可引進的設備，最終滕毓藻同意，日本用他們的大米折價賠償。
折算後，算上運費，日本共需佩服大米九百萬石。
這樣一筆大數目的大米，日本表示要等到秋收後一次性償付，所以日軍的俘虜暫時也沒有釋放。山海關則由原盛京將軍曾琪手下的綠營兵接管，而曾琪本人，由於私自同俄軍簽署所謂協議，被革去盛京將軍一職，暫留屬地理事。
雖然，國內民眾對於朝廷處置曾琪一事，反響強烈，可在接連傳出的喜訊遮掩下，很快就沒人再提及曾琪，這讓曾琪暫時逃過一劫。
搶在洋人全部撤軍前，滕毓藻連上兩道奏折，分彆請設學部和警務部。
以若可以自行研製生產槍炮艦船及推行洋務，必須設置新學培養人才為名，請重開學部，主管在全國推行新學。
以為安置裁撤綠營等舊軍，以及天津租界須設置警察維護地方治安為名，在六部中添設警察總局，統管各地警察。
學部大臣舉薦因慈禧軟禁光緒而同慈禧意見相左憤而回家養病的原吏部尚書、協辦大學士、首任管學大臣孫家鼐任學部大臣。
雖然在光緒維新時，就已經設置管學大臣，可隻是由孫家鼐這個吏部尚書兼職，而且這個管學大臣隻負責管理京師大學堂，這一次的學部則是真正要管理起全國的新學。
滕毓藻舉薦孫家鼐擔任首任學部大臣，不僅是因為孫家鼐參與京師大學堂的籌辦和日後的管理，有辦新學的經驗。
還因為孫家鼐提認為，要振興中華，就不僅要注重西學，興辦實業，還認為國家欲富強、民族要興旺，首先就要開辦學堂。
孫家鼐當時就提出“以中學為主，西學為輔；中學為體，西學為用”的主張。
計劃京師大學堂設10門主科、10門附科，要求：“總古今，包中外，該體用，貫精粗……”。
還主張興辦醫學堂、武備學堂、速成學堂，大聲疾呼各省要多辦中、小學堂。
而且在滕毓藻的記憶中，孫家鼐嗣後，還令其子孫先後在故鄉壽州辦了很多學堂。
孫家鼐雖然仍然還有些守舊，可總還要比其它朝臣要好很多，在一時沒有人可以勝任這個學部大臣期間，孫家鼐是一個不錯的選擇。
關於警務部的部務大臣人選，滕毓藻沒有舉薦任何人，隻是舉薦騎兵協協統薛謙擔任幫辦。
不隻是滕毓藻想要薛謙離開前鋒軍，給他找一個合適的去處，還因為薛謙資曆短淺，擔任不務大臣顯然不合適。
這兩份奏折，慈禧都很快批複。
設置學部和孫家鼐的任命沒有問題，可在警務部上，慈禧打了一些折扣，雖然同意設置警察，可品秩上做了降級處置，隻同意設置警務處，歸屬兵部管理。
戶部侍郎鐵良轉隸兵部任侍郎，兼警務處總辦，負責編遣改變京師及順天府所屬綠營，薛謙擔任會辦。
同時命滕毓藻儘早安置薛謙趕赴京城，還要滕毓藻協助鐵良籌辦警務處及京師警察衙門。
得到慈禧的批複後，滕毓藻不僅立即安排了薛謙趕赴京師，還派出李耀庭同鐵良接洽，幫助鐵良組建警務處及京師警察衙門。
在此期間，袁世凱和帶著潘金山第六鎮趕到山東的新任山東巡撫周馥，交接了政務後，就和他的武衛右軍離開山東，由段祺瑞率新擴充的一鎮武衛右軍開赴順天府，負責護衛京畿，袁世凱率其餘剛剛擴編後的兩鎮趕到河南，接手河南巡撫。
而早已經重病的李鴻章，也同曆史上一樣，在十一月七日走完了他的一生。
這讓滕毓藻不得不帶著特彆警衛中隊和一個從柳秉義警衛鎮特彆挑選出來的營，提前趕去保定。
滕毓藻趕到保定後，在幫助李經方料理了李鴻章的後事後，又安排在保定的警衛鎮的一哨人，隨李經方護送李鴻章靈柩回老家合肥，然後就留在保定等著為慈禧迎駕。
雖然議和要比曆史上提前了很多，可慈禧的回程依舊慢慢騰騰，直到十一月二十日，才姍姍趕到保定。
據隨慈禧回鑾載漪私下同滕毓藻說起，小德張告訴他，慈禧在得到李鴻章病危的奏報後，就甚為顧念，為之流涕。
慈禧還說：“大局未定，倘有不測，這如此重荷，更有何人分擔！”
次日，李鴻章逝世的消息傳來，慈禧更是“震悼失次”，隨護人員“無不擁顧錯愕”，就如同“梁傾棟折，驟失依恃者”一般。
因為滕毓藻的建議，小德張現在已經被載漪收買，慈禧身邊的事，很多都是小德張私下傳給他的。
對於小德張轉述的慈禧驚聞噩耗的情況，滕毓藻認為還是可信的。
這幾十年來，李鴻章幾乎可以說是慈禧的主心骨，大清的所有事情，即便不必李鴻章親自出麵，也會有他的參與，如今李鴻章突然故去，慈禧悲痛莫名，應該並非妄言。
慈禧趕到保定後，立即對李鴻章降詔獎諭，命恭親王溥偉前往合肥奠醊，贈官太傅，晉封一等侯爵，諡號“文忠”，並賜白銀五千兩治喪。
允許李鴻章入祀賢良祠，在其原籍及立功省，如安徽、浙江、江蘇、上海、江寧、天津等地，建祠祭祀。
在京師，則特建專祠，由順天府官員定期祭祀。
對於李鴻章，慈禧可謂極儘殊榮！
不過，這些做給故去之人的所有殊榮，滕毓藻看得明白，這一切，都是慈禧做給這些封疆大吏們看的。
慈禧在保定駐蹕兩天後，終於起駕改乘火車回京。
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